Sip Song Chau Thai tồn tại 2 hệ thống chính quyền. Hệ thống truyền thống gồm các mường lớn (16 mường, sau còn 12 mường), dưới mường lớn là mường nhỏ rồi đến cấp thấp nhất là bản. Hệ thống hành chính chính thức bao gồm phủ, châu, tổng, xã, thôn. Các tạo mường (chaomuang) người Thái được các hoàng đế Đại Việt và sau này là Đại Nam phong cho chức tri châu cha truyền con nối cai quản các châu (tương ứng với các mường lớn của người Thái), ví dụ châu Lai, châu Chiêu Tấn, châu Thuận, châu Sơn La, châu Quỳnh Nhai, châu Điện Biên, châu Mai Sơn, châu Tuần Giáo, v.v. Bản thân tên gọi gộp tiếng Thái của vùng này Sipsong Chau Tai có nghĩa là 12 châu người Thái. Người Việt có hệ thống ghi chép các đơn vị hành chính cực kỳ chi tiết từng châu, tổng, làng xã tại vùng này từ thời Lê Thánh Tông định bản đồ Đại Việt năm 1479. Còn mấy đồng chí Thái, Lào, Trung cũng đòi chủ quyền vùng này, nhưng không đưa ra được bất cứ ghi chép lịch sử về hệ thống hành chính nào cả. Chỉ có Trung Quốc đưa ra được lịch sử hành chính châu Ninh Viễn trực thuộc tỉnh Vân Nam của nhà Minh, nhưng đó là trước năm 1438, còn sau khi Lê Lợi dẫn quân chinh phạt thủ lĩnh vùng này là Đèo Cát Hãn thì chủ quyền Tây Bắc đã thuộc về Đại Việt. Chỉ trừ châu Điện Biên, phủ Ninh Biên, trấn Hưng Hoá là về tay Đại Việt muộn hơn so với các châu khác. Châu Điện Biên thì do thủ lĩnh nghĩa quân Hoàng Công Chất chiếm được từ vương quốc Luang Prabang (còn gọi là Nam Chưởng) vào thập niên 1760 để lập đại bản doanh chống chúa Trịnh tại thành Tam Vạn (Sam Mún). Năm 1776, chúa Trịnh dẹp được con trai Hoàng Công Chất là Hoàng Công Toản, ông cho sáp nhập vùng này vào Đại Việt trực thuộc trấn Hưng Hoá. Tuy nhiên, Hoàng Công Toản chạy sang Vân Nam và giao nộp 4 châu của trấn Hưng Hoá cho nhà Thanh, trong đó có châu Lễ Tuyền, Hoàng Nham... Nhà Thanh cho sáp nhập 4 châu này vào phủ Quảng Hoá, tỉnh Vân Nam (trong đó Hồng Hà, Bình Biên... ngày nay xưa cũng là đất đai Đại Việt). Thời Quang Trung, rồi thời Minh Mạng đã hai lần gửi thư cho triều đình nhà Thanh đòi lại 4 châu này nhưng nhà Thanh không trả lại. Còn bọn Thái thì có 2 tháng hành quân truy kích Đèo Văn Trị mà vẽ vào bản đồ của Xiêm như đúng rồi. Tóm lại, 12 châu Thái trước năm 1280 là khu vực của người Thái Trắng và Thái Đen (không phải Thái Xiêm), tập hợp trong một liên minh các mường được sử thời Lý và Trần gọi là có nước Ngưu Hống. Năm 1280 nhà Trần chiếm. Năm 1356, sau khi Phạ Ngừm thành lập vương quốc Lan Xang của người Lào thì vùng này thần phục Lan Xang (lúc này nhà Trần đã suy yếu nên không quản được). Từ năm 1407 nhà Minh chiếm Đại Ngu thì vùng này chuyển sang thần phục nhà Mình, nhà Minh phong cho thủ lĩnh họ Đèo làm tù trưởng châu Ninh Viễn do nhà Minh thành lập. Sau khi Lê Lợi hành quân lên tây bắc năm 1436 thì vùng này sáp nhập vào lãnh thổ Đại Việt, nhưng vẫn cho các tù trưởng cha truyền con nối cai quản (giống hệ thống thổ ty ở Vân Nam, Quý Châu, Quảng Tây của nhà Minh, Thành). Thập niên 1770 được thêm vùng Điện Biên ngày nay nhưng mất 4 châu từ Lai Châu lên phía bắc. Lãnh thổ này vẫn thuộc Đại Nam cho đến 1888 khi Pháp hành quân đánh Đèo Văn Trị và buộc ông phải quy thuận và tiếp tục cho ông cai quản vùng này. Lưu ý, Đèo Văn Trị đánh Pháp là hưởng ứng phong trào Cần Vương. Xiêm La chỉ có 2 tháng hành quân với 5000 người gồm cả Thái và Lào vào vùng này rồi rút vì bị Đèo Văn Trị truy kích. Vậy đó, lãnh thổ của cha ông gây dựng không nên vì nghe đội bẻ sử để biến thành đất vô chủ hoặc lãnh thổ của nước khác được
