Người Pháp này đã âm mưu sát hại vị thuyền trưởng người Bồ Đào Nha cùng toàn bộ thuộc hạ của ông ta. Để thực hiện âm mưu, hắn dựng lên một cái bẫy hoàn hảo. Hắn mời vị thuyền trưởng Bồ Đào Nha cùng viên quan bảo hộ của ông ta đến dự tiệc tối. Sau khi chuốc cho họ uống thật say, hắn lừa vị thuyền trưởng tin rằng Tổng tư lệnh đang triệu tập ông ta. Dù đang trong cơn say khướt, vị thuyền trưởng vẫn tuân lệnh. Khi vừa bước vào phòng của Tổng tư lệnh, do quá say, ông đã gục đầu lên ghế và ngủ thiếp đi. Ngay lập tức, một kẻ thù của ông, hành động theo mật lệnh của người Pháp kia, đã xông vào cắt cổ ông. Người Pháp này trước đó cũng đã bố trí người của mình canh chừng, và khi nhóm lính Bồ Đào Nha còn lại chuẩn bị đi nghỉ, hắn ra lệnh cho binh lính Đàng Trong lập tức tàn sát họ. Quân lính Đàng Trong đã giết chết tổng cộng 27 người Bồ Đào Nha; chỉ có một vài thủy thủ may mắn thoát thân bằng cách nhảy xuống nước và bơi vào bờ cát.
Có mặt trên tàu lúc đó còn có Cha Antoine tôn kính, một tu sĩ dòng Phanxicô người Bồ Đào Nha thuộc Tỉnh dòng Thánh Thomas Ấn Độ (2) [Linh mục Antoine tôn kính đã đến cảng Chợ Quán vào năm 1780. Cha Jumilla đã khẩn khoản xin ngài ở lại phụ tá cho đến khi Tỉnh dòng Thánh Grêgôriô phái một tu sĩ khác đến... Ban đầu, vị Đại diện Tông tòa, tức Bá Đa Lộc đồng ý, nhưng sau đó ngài tìm cách trục xuất Cha khỏi Đàng Trong. Cha Jumilla kịch liệt phản đối vì sự an toàn của nhà Vua, người rất vui mừng khi có thêm một người đồng hành. Xem các bức thư của Cha Jumilla gửi cho Cha Giám tỉnh vào ngày 25 và 30 tháng Bảy năm 1780...] Người Pháp kia trước đó đã thể hiện dã tâm muốn hành hình Cha bằng cách buộc Cha vào đuôi ngựa kéo lê; và nếu hắn chưa thực hiện điều đó ngay, thì cũng chỉ vì những lời can ngăn từ vị Đại diện Tông tòa (Giám mục Bá Đa Lộc). Nhận thấy đây là cơ hội thuận lợi để thực hiện dã tâm đen tối của mình, người Pháp này đã ra lệnh cho binh lính dưới quyền giết chết Cha. Tuy nhiên, binh lính Đàng Trong đã thẳng thừng từ chối vì lòng kính trọng sâu sắc mà họ dành cho các vị linh mục Kitô giáo. Trước sự phản kháng này, hắn lại tiếp tục thúc ép. Họ đã đánh đập Cha Antoine dã man và khiến Cha bị thương. Vị giáo sĩ đáng thương ngã gục dưới chân người Pháp, cầu xin lòng thương xót; kẻ thủ ác giả vờ động lòng trắc ẩn, nhưng ngay khi hắn ra một hiệu ngầm cho binh lính, họ đã xông vào kết liễu đời Cha.
[Sự việc phản ánh mâu thuẫn gay gắt giữa nhóm sĩ quan, thương nhân Pháp (chịu ảnh hưởng từ Giám mục Bá Đa Lộc) và nhóm Bồ Đào Nha (đến từ Macao) tại Gia Định. Kết cục tàn khốc là cuộc thanh trừng đẫm máu do Bá Đa Lộc, Nguyễn Ánh và Manuel vạch ra đối với nhóm sĩ quan Bồ Đào Nha và vị linh mục dòng Phanxicô đồng hương của họ. Qua đây ta thấy Bá Đa Lộc đã bỏ đi công việc chính của mình là truyền đạo mà dốc hết tâm sức giúp đỡ Nguyễn Ánh, kể cả những việc làm tàn ác và trái đạo đức như giết chết cả Linh mục đồng hương người Pháp]
Sau khi thỏa mãn cơn cuồng sát, người Pháp này liền tìm cách ép buộc các quan chức Đàng Trong ký vào một văn bản biên bản giả mạo, trong đó họ chứng thực rằng, nếu họ có tiến hành sát hại người Bồ Đào Nha, thì đó là vì chính viên quản kho (quartier-maître) của con tàu đã tự mình tuyên bố rằng cần phải giết sạch tất cả người Đàng Trong; do đó, họ không làm gì khác ngoài việc tự vệ.